Latent class analysis in diagnostic tests evaluation for canine leishmania infantum infection

Abstract

Accurate assessment of diagnostic tests may be biased if an imperfect reference test is used for comparison; such a situation exists for the diagnosis of canine leishmaniasis. We compared classical diagnostic tests for Leishmania infantum with Latent Class Analysis (LCA), to assess whether we could make a more accurate calculation of diagnostic accuracy. Microscopy (Lymph node aspirate), serological test (IFAT), and molecular tests (LAMP and PCR) data were recorded for 75 dogs captured in Tunisian endemic area and suspected of leishmaniasis. Sensitivity and specificity estimates with the 2 x 2 contingency tables (Microscopy as gold standard) were broadly corroborated by LCA. However, the LCA provided a way to control the study limitations (small sample size) as well as for confounding factors. It also produces consistent estimates of the test characteristics. LCA estimation of the sensitivity and specificity of the LAMP cpb assay (se: 68.7% [95% CI 57.3-80%] and sp: 86.2 [95% CI 74.9-97.5%]) is higher as compared to classical calculations (se: 54.2% [95% CI 38.2-69.5%] and sp: 80% [95% CI 65.2-89.5%]). Considering the lack of an adequate reference standard, LCA proved to be a useful tool to independently evaluate diagnostic methods

Une technique de référence imparfaite introduit un biais dans l’évaluation d’un outil de diagnostic. Une telle situation existe pour le dignostic de la leishmaniose canine. Nous avons appliquées le test statistique Analyse des classes latentes (LCA) pour déterminer la technique la plus fiable pour le diagnostic de la leishmaniose canine. L’avantage de ce test est qu’il ne se base pas sur une technique de référence. L’étude a porté sur soixante quinze (75 ) chiens capturés dans le grand Tunis, en zone d’endémie et soupçonnés d’êtres atteints de leishmaniose. Les techniques utilisées sont la microscopie (ponction ganglionnaire), un test sérologique (IFAT) et des tests moléculaires (PCR et LAMP). L’évaluation de la sensibilité et de la spécificité des différentes techniques ont été réalisée en utilisant la microscopie comme référence pour le calcul classique du tableau de contingence 2 x 2. Les résultats obtenus corroborent parfaitement avec les résultats obtenus avec la LCA tout en les améliorants. L’estimation de la sensibilité et de la spécificité de la technique LAMP cpb par la LCA (se: 68.7% [95% CI 57.3-80%] et sp: 86.2 [95% CI 74.9-97.5] est plus élevée par rapport aux calculs classiques (se: 54.2% [95% CI 38.2-69.5%] et sp: 80% [95% CI 65.2-89.5%]). De plus, la LCA permet de déterminer les biais introduits dans une étude, telle que la taille d’un échantillon. Compte tenu de l’absence de normes de référence adéquates, la LCA est un outil fiable pour évaluer de façon indépendante les méthodes de diagnostic.